Approches expérimentales
Nous combinons des approches d’enregistrement in vivo avec des outils transcriptomiques en cellule unique pour étudier les fonctions des sous-types corticaux.
Transcriptomique in situ – CoppaFISH
Nous utilisons des outils transcriptomiques de pointe pour mieux comprendre l’identité moléculaire des neurones. Notre méthode transcriptomique in situ, appelée coppaFISH, est une méthode sur mesure et entièrement open source qui permet d’identifier des sous-types neuronaux précis grâce à l’expression génique in situ en cellule unique.
Initialement utilisée avec un ensemble de 72 gènes conçus pour les sous-types inhibiteurs, nous utilisons désormais coppaFISH avec un panel étendu de 124 gènes pour explorer les sous-types excitateurs et inhibiteurs.
Imagerie calcique bi-photonique in vivo et optogénétique
Nous utilisons des outils d’imagerie calcique pour étudier la fonction des neurones du cortex cérébral de la souris. Nous enregistrons généralement des milliers de neurones simultanément, lors de comportements spontanés ou de stimulations sensorielles. Nous utilisons l’enregistrement vidéo pour quantifier plusieurs paramètres comportementaux, ce qui nous permet d’estimer la vigilance et l’état comportemental.
Nous associons ces enregistrements à une stimulation optogénétique unicellulaire pour interroger les circuits neuronaux impliqués dans le codage sensoriel.
Alignement des modalités in vivo et ex vivo
Une étape clé de notre pipeline expérimental consiste à aligner les cellules enregistrées in vivo avec celles caractérisées ex vivo par coppaFISH. Pour cela, nous utilisons un algorithme de recalage de nuages de points basé sur la corrélation croisée de Fourier rapide sur les images reconstruites. Grâce à cette méthode, nous trouvons d’abord la meilleure transformation rigide qui aligne les deux modalités d’imagerie. Des transformations non linéaires sont ensuite appliquées pour finaliser l’alignement.
Vie dans l'équipe
Vivre et travailler à Marseille – Campus de Luminy
Notre laboratoire a la chance d’être rattaché à l’Inmed, situé sur le campus de Luminy, au cœur du Parc National des Calanques. L’institut offre un environnement de travail stimulant, accueillant et collaboratif pour s’épanouir en recherche. De plus, la proximité du laboratoire offre de nombreuses possibilités d’activités de plein air !
Initiative SAFE Labs
Stéphane est cofondateur de SAFE Labs, une initiative visant à créer des laboratoires plus conscients, justes et équitables.
Le laboratoire travaille activement à la mise en œuvre de tous les engagements décrits dans le manuel. Vous trouverez plus d’informations ici : Manuel SAFE Labs
